源产于苏格兰地区的柯利牧羊犬身世可能相当复杂,它与源产于英格兰的长毛赛跑狗和矮胖的英国牧羊犬可能有着非常密切的亲缘关系。 这个由马克-尼夫(Mark W. Neff)领导的研究小组在对柯利牧羊犬的变异基因进行研究时发现,柯利牧羊犬的家族可能不仅限于几种牧羊犬,甚至有可能包括一些猎犬,这些现在看起来关系并不十分密切的品种在十九世纪七十年代以前也许都是一个品种。 马克-尼夫表示,由于人们是在十九世纪晚期才开始对狗的品种进行严格保护的,因此在那之前,杂交的事情经常发生,这导致现在很多品种具有类似的独特基因,这一现象又反过来证明这些品种在很久以前可能是同一个或者类似的祖先。